El principal polígono de Estella-Lizarra es el polígono de Merkatondoa, situado a las afueras de la ciudad, junto a la Autovía del camino.
En el mismo, predominan las empresas de carácter terciario. Más concretamente, destaca la rama "comercio, restaurantes y hospedaje, reparaciones" (con 62 empresas) y, dentro de esta rama, las actividades de "Comercio al por mayor" (27 empresas) y " Comercio al por menor de productos industriales no alimentarios en establecimiento permanente (18 empresas). En lo referente a las empresas industriales, destaca la concentración en este polígono de empresas de la rama "Otras industrias manufactureras" (de las 26 empresas agrupadas en esta rama, 10 pertenecen a la actividad "Industria de la madera, corcho y muebles"). Del resto de las ramas destacan las actividades de "Fabricación de productos metálicos" e "Industria del calzado" con cinco empresas.
Contiguo al polígono de Merkatondoa, se ubicará un segundo polígono industrial: el Polígono Industrial de Miguel de Eguia. Dicho polígono estará situado en los terrenos de Oncineda, limitando con la N-122, la Autovía del Camino (A-12) y el límite de los terrenos Municipales de Ayegui. En total, se destinarán casi 436.228 m² de los cuales 175.427 m² se destinarán a suelo industrial urbanizable. La propiedad de los terrenos del polígono será fundamentalmente privada.
Dentro del polígono, se construirá el futuro Parque Tecnológico de las Artes Gráficas y Visuales. Éste, además del edificio social, contará con un vivero de empresas y un centro formativo en las materias propias del sector.
El objetivo fundamental de este polígono es fomentar la actividad industrial de la zona aprovechando tanto su priviligiada situación geográfica, como su experiencia y tradición en el sector de las artes gráficas.